10X 单细胞靶向基因表达
10X单细胞靶向基因表达分析，是捕获单个细胞中一群目标基因的转录本表达信息进而分析单细胞的靶向表达谱情况。其原理是使用可定制的，全面的与研究方向相关的基因Panel，这样有针对性的基因捕获测序，其优势不仅可以更聚焦于特定研究领域相关基因的表达差异，还可在增加样品数量或增加测序深度的同时降低成本。可以为疾病病理学和临床转化研究的提供新见解。
实验设计流程
1、确定要关注的基因，目前有人类泛癌基因Panel、免疫相关基因Panel、疾病与药物靶点重要信号通路基因Panel；这三种基因Panel可供选择。还可自主添加基因或使用10x Genomics Custom Panel Designer从头开始设计。
2、选择现有的10x Genomics单细胞文库，用选定的基因panel进行杂交捕获，以富集感兴趣的转录本。
3、得到10x条形码，靶标富集文库与Illumina测序仪上的标准NGS短读测序兼容，可对单个细胞进行有效的转录分析。
4、通过Cell Ranger中的标准分析流程将原始测序数据转换为具有生物学意义的结果。
5、使用Loupe Browser可视化软件可交互方式浏览结果，在簇或样品之间进行差异基因表达分析，和鉴定细胞类型。
靶向基因表达的特点
样本要求
● 样本类型——制备好的细胞悬液
● 细胞活性——活细胞率在85%以上
● 细胞大小——小于40μm
● 细胞数——大于2x105
● 细胞培养液及缓冲液不能含有Ca2+ 和 Mg2+ 等影响酶活性的物质。
生信分析内容
应用领域
